Сын Николая Платоновича и Флёны Ивановны Орнатских Иван родился 21 сентября 1870 года на погосте Новая Ёрга Череповецкого уезда Новгородской губернии, где издавна служили священники Орнатские.

В 1892 году окончил курс в Новгородской Духовной семинарии по 2 разряду и 10 ноября того же года определен псаломщиком в Череповецкую Городскую Благовещенскую церковь.

9 июля 1893 г. в этой церкви совершал Литургию отец Иоанн Кронштадтский, который еще в 1891 г. вывез из Суры свою племянницу, дочь сестры Дарьи Ильиничны, шестнадцатилетнюю Анну, чтобы дать ей воспитание и устроить ее жизнь в столице. Отец Иоанн сразу прозрел в молодом псаломщике будущего ревностного пастыря и у него возникла мысль отдать ему в матушки свою племянницу. В письме к своей духовной дочери игумении Таисии, которая занималась воспитанием его племянницы Анны, он пишет: «Да устроит все Господь, если Ему угодно, чтобы племянница моя была по­другою пастыря — служителя алтаря Господня». Весной 1894 г. о. Иоанн сообщает сестре Дарье Ильиничне в Суру, что ее дочь «Анюта невеста и готовится выходить замуж за будущего Священника И. Н. Орнатского. Священником он будет в Петербурге... Я готовлю ей приданое и, даст Бог, сделаем свадьбу.»

10 августа 1894 г. псаломщик Иоанн Орнатский был определен на священническое место в Иоанно-Богословскую церковь С.-Петербургского подворья Леушинского женского монастыря, месяц спустя 25 сентября рукоположен в сан диакона, а на следующий день, 26 сентября, в день памяти святого апостола Иоанна Богослова, в сан священника. К этому времени племянница Анюта Малкина стала сначала Анной Семеновной Сергиевой — приемной дочерью Иоанна Ильича Сергиева, а затем уже матушкой Анной Семеновной Орнатской

Отец Иоанн Орнатский служил священником и настоятелем церкви С.Петербургского подворья Леушинского монастыря в течение 10 лет и за эти годы снискал заслуженное признание и прихожан, и священноначалия. Уже 5 декабря 1897 года «за ревностную службу и благочестную жизнь» он награжден набедренником.

Семья жила на Бассейной улице в съемной квартире и быстро разрасталась. Крёстным отцом детей, родившихся до 1908 года, был батюшка Иоанн Кронштадтский, а обряд крешения обычно совершал брат — протоиерей Философ Орнатский

Молодой, энергичный священник иерей о. Иоанн кроме основных обязанностей настоятеля храма занимался и преподаванием. Так в 1897-98 годах он состоял законоучителем 5 мужского и 9 женского Литейных училищ в С.Петербурге, в 1902-05 годах — детского приюта Священномученика Мефодия и Громовскаго детскаго приюта, а с 1905 по 1909 годы также и Александровского приюта арестанских детей.

24 сентября 1901 года «за отлично-усердную службу» о.Иоанн награжден скуфеею.

05 августа 1904 года Иоанн Николаевич определен на старшую священническую вакансию при С.Петербургском Иоанновском женском монастыре. С этого времени уже многочисленная семья о.Иоанна поселилась в квартире монастырского дома на Песочной улице.

6 мая 1905 года о.Иоанн награжден камилавкою, а 6 мая 1909 года — наперстным крестом «от Св. Синода выдаваемым».

Ночь на 20 декабря 1908 года о.Иоанн Орнатский провел в Кронштадте в квартире своего умирающего родственника — Иоанна Ильича Сергиева (Кронштадского). В 1909 году он подробно описал это событие в своей брошюре:

— «Вскоре Батюшка впал в забытье. Дыханье было спокойное, но становилось тише и тише. Священник Орнатский стал читать канон на исход души, а затем отходную, и когда подошел к одру умирающего, он лежал неподвижно с руками, сложенными на груди; едва заметны были последние вздохи, и великий пастырь совершенно спокойно предал Богу дух свой. Глаза, доселе закрытые, чуть-чуть приоткрылись, и из них показались чистые как хрусталь слезинки. Это были последние слезы великого молитвенника-страдальца. Стало очевидно, что праведная душа его перешла в тот мир, где нет болезни, печали и воздыхания, но жизнь бесконечная (кондак из службы по усопшим).»

6 мая 1913 года о. Иоанн Всемилостивейше награжден орденом Святой Анны 3 степени. Также в другие годы он был награжден серебрянной медалью в память Императора Александра 3-го и бронзовой медалью с крестом на Владимирской Ленте в память 300 летия дома Романовых.

С 1912 по 1917 г.г. о.Иоанн состоял редактором журнала "Кронштадтский Пастырь", а 26 декабря 1915 года «за примерно-усердную и полезную пастырскую и законоучительскую его деятельность и за безвозмездные труды по редактированию журнала Кронштадтский Пастырь» возведен в сан протоиерея.

31 марта 1919 года «за отлично-усердную службу» ему преподано Архипастырское благословение с грамотой.

26 сентября 1919 года по случаю исполнившагося 25 летия службы в сане священника, по благословению Его Высокопреосвященства, поднесен прихожанами золотой наперстный крест с украшениями.

30 июня 1921 года, после кончины 13 июня 1921 г. прот. Димитрия Федорова, резолюцией Высокопреосвященного Вениамина, Митрополита Петроградского и Гдовского был назначен настоятелем храмов Петроградского Иоанновского Женского монастыря,а с июля 1920 г. был избран председателем Приходского совета

В 1922 году ко дню Св. Пасхи о. Иоанн награжден золотым Патриаршим крестом с украшениями, а 20 декабря 1922 года «за ревностное отлично усердное служение Церкви Божией» награжден палицей.

В том же 1922 году по "делу об изъятии церковных ценностей" о. Иоанн Орнатский был под судом (властей, изымающих ценности) и приговорен к 2 месяцам принудительных работ без отбывания срока. Также после ареста и расстрела митрополита Вениамина отец Иоанн был арестован среди сотен других служителей Церкви, но затем отпущен за «недоказанностью вины». В августе 1922 г. приход под его руководством примкнул к Петроградской автокефалии, противодействовавшей распространению в епархии обновленчества.Начались допросы, вызовы в милицию, в новое епархиальное управление с унизительными объяснениями по доносам со стороны обновленцев и постоянное ожидание нового ареста. Много сил отнимала борьба с новыми властями по защите усыпальницы о. Иоанна Кронштадтского от разорения

14 ноября 1923 г., храмы монастыря были закрыты по распоряжению губисполкома. Управление монастырем перешло к обновленческой церковной власти и многчисленной семье Иоанна Николаевича пришлось переселяться в пос. Графская Парголовской вол. Пригородного района. Там у него был летний дом напротив деревянной церкви в честь пр.п. Серафима Саровского Чудотворца. В ней о.Иоанн начал временно исполнять обязанности священника, а 10 февраля 1924 г. общее собрание членов общины церкви пригласило его занять штатное место настоятеля взамен прежнего священника, ушедшего на покой. Служба в Серафимовской церкви не давала достаточно средств, а взрослым уже детям было не найти работу, так как они считались детьми лишенцев, то есть лишенных части общегражданских прав, как «элементов чуждых советской власти». Средств не хватало на самое элементарное - еду, одежду, обувь.

Четыре года служил отец Иоанн на станции Графская, переименованной позже в Песочную, и здесь, по случаю 35-летия пастырского служения прихожане поднесли ему поздравительный адрес с такими словами: «Ваше благолепное, располагающее к искренней молитве служение, заботы о Храме и духовнонравственное просвещение своих пасомых, Ваша кротость, примерная христианская жизнь и твердость в водительстве паствою — снискали нашу искреннюю любовь... »

15 июня 1928 года Указом Епархиального Совета за №507 отец Иоанн был переведен вторым священником в Симеоновскую церковь на Моховой улице и уже 29 марта 1929 года резолюцией Его Высокопреосвященства Заместителя Патриаршего Местоблюстителя отец Иоанн был награжден митрою. Но времени на семью совсем не оставалось из-за ежедневных поездок в город к месту службы.

В 1931 году на имя Иоанна Николаевича пришла бумага на оплату сельхозналога за 1931 г., где указывалось, что он должен заплатить 3902 руб. — по тем временам очень большая сумма. Иван Николаевич написал жалобу в Ленинградский финансовый отдел:

23 февраля 1936 г. о. Иоанн был арестован НКВД Ленингадской области по обвинению в том, что «не являясь участником контрреволюционной группы, был знаком с лицами, работавшими в ней, и в декабре 1935 года в связи с закрытием в Ленинграде одной из церквей, высказывал контрреволюционные взгляды по поводу мероприятий Советского правительства и Советской власти...», т.е. по статье 58-10 ч. 1 УК РСФСР.

1 октября 1936 года он был приговорен «к 5 годам лишения свободы с дальнейшим поражением в правах на 3 года». 20 апреля 1936 года о. Иоанн в лагере скончался. Получив телеграмму из лагеря о смерти мужа, Анна Семеновна послала туда старшую дочь - Марию, узнать подробности. Мария узнала в лагере, что отца поместили вместе с уголовниками, которые издевались над ним с молчаливого разрешения руководства, что 20 апреля по дороге в барак отец, «проходя по мосткам, упал и умер» и, что похоронен он там же, в общей лагерной могиле на станции Погостье, где находился исправительно-трудовой лагерь.